1. 当玉木耳菌棒菌丝完全长满，离皮恢复，菌丝洁白粗壮，可以开始打眼。
2. 菌包上打18排一字眼，深4～6毫米，要求每排眼之间距离和眼大小均匀一致。打眼时要将机器调整到适当的松紧度，齿轮与菌包既不可太紧，导致离皮，也不可太松，使扎眼的大小和深度不够。
3. 将漏接、未长满、污染的（如果菌袋部分出现链孢霉，可在分生孢子团上滴上柴油或用柴油涂擦， 轻拿轻放，装到袋子里，以防止链孢霉的扩散）菌棒要即时挑出，并分类处理，禁止给污染菌棒打眼。
4. 大棚内每打2米远的菌包，用75%酒精对打眼器齿轮喷洒消毒，注意喷洒时每个齿轮都要喷洒到位。
5.打眼和摆垛要同时进行，摆四到五个高，两垛为一组，菌棒侧面间距1～2厘米，垛与垛间距10厘米。摆完垛后及时盖上塑料布，避免被阳光直射；安放温度计，记录菌包生长情况。
6. 开口和摆垛完成后做好棚内卫生工作。
