鸡腿菇栽培过程中，发菌期的管理是一项至关全局的管理环节。现就自身的种菇经验，将发菌前期、中期和后期的管理要点综述如下：
1．发菌前期的管理鸡腿菇菌丝体生长的温度是3℃-35℃，最适温度为24℃-28℃。播种后菌种能否顺利成活定植、吃料生长，将料温控制在20℃-30℃是最首要的管理工作。播种后1天-7天为发菌前期。第1天-3天的管理重点是保湿、控温和换气。保湿的方法是覆盖好薄膜，若遇到雨天还要做好排除积水工作，防止雨水浸入料内。控温的措施主要有：①勤检查，将膜内料温控制在24~C-28℃，最高不能超过30℃；②料温偏高时，可加厚棚膜上草被或在草被上淋水降温；③可将菌床中间薄膜适当升高15厘米-20厘米，揭开两头薄膜通风散热，加速膜内空气流通。波浪式栽培的可直接揭开两头薄膜散热降温；④遇上低温寒潮天气，应将薄膜盖严，疏散膜面覆盖物，增加光照度，提高料温。播种后4天-7天，菌种块的新生菌丝已萌发齐全，开始定植吃料，向料内生长，此时期则以换气为主，每天通风不得少于2小时，促使菌丝快速封面，适当降低料表面湿度，使料表面稍干燥，减少杂菌污染。膜内料温控制在24℃-28℃，空气相对湿度70％-75％较为理想。
2．发菌中期的管理播种后8天-12天为发菌中期，也称为料层发菌期，菌丝吃料并在料内纵横生长。管理重点应以小通风为主，大通风为辅。此期的料温应控制在28℃以下，空气相对湿度为75％左右。若自然温度超过30℃，晴天中午前后，薄膜两头应揭开，搭建的遮阴棚应尽量起到遮阴控温的作用，如遮阴度不够，应加厚覆盖物，同时对棚上覆盖物喷水降温，使棚内小气候处在一个阴凉的环境之中，确保料温处于适温范围。如自然温度在15℃以下，应盖好薄膜少通风，尽量利用阳光热能提高膜内料温，使菌丝正常生长。此外，发菌中期也是病虫害的易发期，如发现螨类害虫，可用1：1000倍杀灭菊酯或三氯杀螨醇，1：1500倍克螨特进行防治；如发现菇蚊、菇蝇等害虫，可用浓度为100单位二嗪农喷施防治；如发生毛壳菌和小菌核病以及毛霉、木霉、曲霉等杂菌污染，可用300倍波尔多液、500倍克霉灵或800倍甲基托布津直接喷施病区防治。
3．发菌后期的管理播种后13天-20天为发菌后期，也是养菌阶段。此期料内的温度控制在24℃-28℃，空气相对湿度70％-75％。为了使料层内菌丝充分健壮生长，适应覆土后的环境条件，可将料层用木棒撬动一次，增加中、下层料内的氧气供应，有利于复壮和加速菌丝生长。后期加强通风换气，确保棚内和料内的温度正常，控制料面湿度，病虫害就不易发生。
