需要注意的是香菇的采收时间和采收方法。在香菇采收前1天停止向菌棒喷水，以免鲜菇因含水量过高而导致菇面发黑粗糙、品质下降，并且选择六成开（带膜）、无病斑、无虫蛀、圆整、菇盖直径在4.5厘米以上的香菇进行采摘，同时要求菇脚少带或是不带木屑、泥土，以免降低香菇商品价值。夏菇可在当天早、晚各采收1次；冬菇宜于当天早上采收，此时气温较低，菇体新陈代谢缓慢，鲜菇不易开膜，可保证香菇的品质。采摘时手捏菇柄底部，左右转动，轻轻拧下，切勿碰伤周围小菇或带有大块的菌棒培养料，最后将摘下的香菇集中于一处。
需要注意的是香菇采收后的分级、修整和保鲜前处理。用于保鲜的香菇产品菇脚长度一般留取菇盖直径的1/2，因此，必须剪去超出的部分，在剪脚的同时要按产品规格大小分筐存放，并去除有病斑、虫害、畸形、损伤菇、开伞菇、泥巴菇、烂菇，将曲柄、歪盖、超规格的菇进行必要的修整。为了延长香菇的保鲜时间，常用适宜浓度的食盐水或抗坏血酸、柠檬酸为主的食品添加剂配成溶液进行处理，捞起晾干后放入风冷式冷库中进行预冷排湿。
